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    分子動力學模擬也能用GPU加速?NVIDIA Tesla告訴你答案


    AMBER(Assist Model Building with Energy Minimization)是一款著名的分子動力學模擬軟件包。從 V11 版本開始,AMBER 開始可以使用 NVIDIA 的 GPU 來進行顯性溶劑 PME 和隱性溶劑 GB 仿真。

    本測試針對 Cellulose(纖維素)進行,確認AMBER在 GPU 上的加速效果。

    默認情況下,AMBER 不會自動去調用 GPU,于是我們手動編譯了支持 cuda 的版本, pmemd.cuda.MPI(多 GPU 版)與 pmemd.cuda(單 GPU 版) 。

    在本次測試中所使用的分子是纖維素(Cellulose),它的原子數量為:408,609 atoms。


    測試步驟

     

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    測試環境

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    在 CPU 下的測試

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    本次測試中所使用的分子是纖維素(Cellulose),它的原子數量為:408,609 atoms。

    使用 CPU 編譯的版本,在 CPU 運行的測試結果如下圖所示。

     

    在單 GPU 下的測試

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    在雙 GPU 下的測試

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    在本次測試中使用雙 GPU 來進行纖維素的分子模擬,需要使用多 GPU 支持的并行版本,使用 pmemd.cuda.MPI 命令,每個進程推薦使用一個 GPU。其最后的測試結果如下圖所示。

     

    測試結果

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    測試結果證明NVIDIA Tesla GPU加速器對AMBER有極大幅度的提升。

    推薦配置


     
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